SN 中华人民共和国出入境检验检疫行业标准 SN/T4626—2016 DNA条形码物种鉴定操作规程 Protocol for species identification based on DNA barcode databases 行业标准信息服务平台 2016-08-23发布 2017-03-01实施 中华人民共和国 发布 国家质量监督检验检疫总局 SN/T4626—2016 前言 本标准按照GB/T1.1—2009给出的规则起草。 本标准由国家认证认可监督管理委员会提出并归口。 本标准起草单位：中国检验检疫科学研究院、国家质检总局信息中心、山东出人境检验检疫局。 本标准主要起草人：陈岩、张燕平、迟海英、赵文军、吴绍强、朱水芳。 行业标准信息服务平台 1 SN/T4626—2016 DNA条形码物种鉴定操作规程 1范围 本标准规定了我国检疫性有害生物DNA条形码鉴定系统的鉴定流程。 本标准适用于我国动物、植物与口岸卫生检疫性有害生物的DNA条形码物种鉴定。 2术语和定义 下列术语和定义适用于本文件。 2.1 DNA条形码技术DNAbarcoding 利用标准化的、有足够变异的、易扩增且相对较短的基因片段，用于物种鉴定和新种发现的生物身 份识别技术。 2.2 中国检疫性有害生物DNA条形码鉴定系统DNAbarcodeappraisal systemonChinesequaran- tinepests 网址http：//www.qbol.org.cn。 2.3 S值与E值S-scoreandE-value S值（S-score）表示两条DNA序列（查询序列和目标序列）的相似程度，分值越高表明它们之间相 似的程度越大。E值（E-value）是S值可靠性的评价。E值表示在随机情况下，其他目标序列与查询 序列的相似度要高于查询序列和目标序列相似度的可能性。E值越低，S值越可靠，也就是说目标序列 和查询序列相似度越高。当E值小于10-时，表明两序列有较高的相似性。 2.4 FASTA格式FASTAformat 在生物信息学中，一种基于文本用于表示核甘酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对 或氨基酸用单个字母来编码，且允许在序列前添加序列名和注释。序列文件的第一行是由大于号“>” 服务平台 开始，用于序列标记。从第二行开始为序列信息，只允许使用既定的核昔酸或氨基酸编码符号。通常核 苷酸符号大小写均可，而氨基酸只用大写字母 注：示例参见附录A。 2.5 DNA条形码DNAbarcodes CO1：线粒体细胞色素c氧化酶亚基1，动物DNA条形码 ITS：内转录间隔区，真菌和植物DNA条形码 rbcL：叶绿体基因，植物DNA条形码 matK：叶绿体基因，植物DNA条形码 16S:16S核糖体RNA，细菌DNA条形码 1 SN/T 4626—2016 3DNA条形码物种鉴定策略 3.11 Blast鉴定 BLAST(BasicLocal Alignment SearchTool)基于局部序列比对，对数据库进行快速搜索，其特点 是仅搜索序列之间高度相似的区域，可以兼顾到搜索的精确性和搜索速度，是目前应用最广泛的序列相 似性搜索工具之一。BLAST的运行方式是先用目标序列建立数据库，数据库里面的每一条序列为目 标序列，然后用查询序列与数据库中的目标序列做两两序列局部比对，从而得到全部比对结果。 3.2BLAST判定标准 首先构建标准的参考数据库，参考数据库需包含要鉴定物种的样品，在一定的E值下对数据库进 行BLAST搜索，如果查询序列的最佳匹配均为目标物种的不同样品，不包含其他物种的样品，则认为 与该查询序列最接近的物种是目标物种。 4系统鉴定流程 4.1 登录平台主页http：//www.qbol.org.cn，点击“物种识别”导航条，进人物种识别页面。参见附 录 B。 4.2在鉴定框内输入FASTA格式（或纯文本格式)序列后，点击提交鉴定”，系统进行BLAST后，自 动生成鉴定结果。参见附录C。 4.3研究结果判定：相似度最高的10条序列为相同物种，且最大相似度在98%以上，可明确判定为该 物种；否则辅以其他鉴定方法。 行业标准信息服务平台 2